Die Leidenschaft für die Pflanzenwelt beginnt bei Bauhin nicht erst während seiner Studien in Italien, Frankreich oder Deutschland. Bereits in jungen Jahren legt er ein Herbarium an, das er wohl bis zu seinem Tod im Jahr 1624 akribisch führt. Am Ende seines Lebens umfasst es über 4000 Spezies. Diese eindrückliche Sammlung gehört zu den ältesten erhaltenen Herbarien und ist heute im Besitz der Universität Basel.
Bauhins Kollektion beschränkt sich nicht nur auf Pflanzen aus der Region Basel, er nimmt auch exotische Exemplare auf, die er zusammenkauft. Da kommt es ihm entgegen, dass Basel ein internationaler Handelsknotenpunkt ist. So kommt auch eine ganz unscheinbare Pflanze in Bauhins Herbarium: die älteste noch existierende Kartoffelpflanze aus der neuen Welt. Wie oder wann die Pflanze genau am Rheinknie auftaucht, lässt sich nicht mehr feststellen. Die Pflanze hat aber, soviel steht fest, eine bewegte Reise hinter sich: Wohl aus den Anden stammend überquert sie den Atlantik, bis sie dann entweder in Portugal, Spanien oder im entfernteren Italien an Land gebracht wird. Von dort aus geht es auf dem Landweg oder, wenn immer möglich, auf Flüssen weiter, bis die Pflanze in Basel ankommt, wo Bauhin sie wohl erwirbt. Doch wie löst Bauhin die Frage der Namensgebung für dieses exotische Gewächs? Die Inkas nennen die Kartoffel Papas, was man mit Knollen übersetzen kann. Die Italiener hingegen bezeichnen Kartoffeln als "tartufoli". Bauhin sieht als umgangssprachlichen Namen für die Kartoffel "Grübling" vor, was sich nicht durchsetzt. Im Gegensatz zum von Bauhin vorgeschlagenen wissenschaftlichen Namen: Solanum tiberosum esculentum – was soviel bedeutet wie essbarer knolliger Nachtschatten.