Die Stiftung Stadt.Geschichte.Basel ist durch den Verein Basler Geschichte am 9.1.2017 gegründet worden. Sie überwacht die Durchführung des Projekts und stellt durch ein Herausgebergremium die inhaltliche Qualität der Forschung sicher. Die Koordination der Forschung und die damit verbundene konzeptionelle und redaktionelle Arbeit ist Aufgabe der Projektleitung.